歯周病菌によって歯周組織に炎症が起き、深い歯周ポケットが形成されます。
歯周ポケットから生体内に侵入した細菌そのものや、細菌由来の病原因子に加え、炎症の場で作られる物質（サイトカイン）が歯肉の血管を通じて血液に流れ込みます。
これが全身の組織や臓器に何らかの影響を与えると考えられています。